محل غيبت او در ابتدا سرداب مقدس است که از آنجا غيبت فرمود.

مکان آن حضرت در زمان غيبت صغري در مدينه بوده، در کوه رَضوي. در ابتدا خواص از دوستان از مکان او مطلع بودند، سپس احدي بر وي اطلاع نيافت.

روزي امام صادق (عليه السلام) به کوه رضوي نظري افکند و فرمودند:

«براي صاحب اين امر در اين کوه دو غيبت است، يکي درازتر از ديگري».

پس معلوم مي شود که در غيبت صغري و کبري هر دو مکان آن حضرت کوه رضوي است.

و از جاي ديگر نيز استفاده مي شود که در اطراف مکه نيز منزل دارد، بالاخره در حوالي مکه و مدينه بسر مي برد و از مواضع ديگر نيز استفاده مي شود که او در هر کجا هست محل او هم مانند خود او از انظار مستور است و اين هم منافاتي ندارد که در کوههاي مکه و مدينه، منزل داشته باشد، اما کسي او و مکانش را نبيند.