در زمان ابن بابويه قمى (شيخ صدوق ) علم كلام در ميان اماميه مورد بحث بود و خيلى از جمله خود وى رد كردن مخالفان را از راه استناد به كلام خدا و حديث پيامبر و امامان يا از راه معانى گفته هاى ايشان كافى مى دانستند. شايد وى از نخستين متفكران شيعى است كه عقل گرائى را بويژه در بخشهايى از كمال الدين پيشه خود ساخت قسمتهايى از اين كتاب بر گرفته از كتاب الانصاف نوشته ابوجعفر بن قبه رازى يكى از بزرگان متكلمان شيعه است كه در ابتدا از معتزله بود بعد به شيعه اماميه گرويد و المستر شد را ابوالقاسم كعبى ، در نقد آن نوشت و ابوجعفر، كتاب المتثبت را در رد آن نگاشت و كعبى ، نقض المتثبت را در رد آن نوشت .(623)

ايشان در مقدمه كتاب خود به اشكالاتى اشاره مى كند كه در عصر وى بر اماميه در خصوص ضرورت غيبت وارد مى شد. از جمله مى نويسد.

چرا امام زمان همانند امامان ديگر شيعه با اسم و رسم مشخص نيست ؟ اگر تشخص ضرورت ندارد در آن صورت امامان پيشين نيز مى توانستند غايب باشند و همان دلايلى كه براى غيبت امام زمان آورده مى شود براى غيبت آنان نيز قابل عرضه بود و اگر داراى فلسفه خاصى نيست پس چرا امام دوازدهم از ديده ها غايب است ؟(624) ))

شيخ در جواب مى نويسد:

((دشمنان ما، نسبت به آثار حكمت الهى در جهل مانده اند و از مواقع حق و مناهج سبيل در مقامهاى حجتهاى الهى غفلت كرده اند چون ظهور حجتهاى الهى بر سبيل امكان و تدبير اهل زمان است حال اگر شرايط غيرممكن باشد نهان شدن او برابر حكمت خواهد بود و تدبير اقتضا مى كند كه در پرده باشد و خدا او را از ديده ها پنهان بدارد تا وقت بلوغ كتاب فرا رسد چنانكه برخى از حجتهاى پيشين نيز در نهان بوده اند.))

شيخ صدوق ، با استناد به روايت عبدالحميد بن ابى الديلم از امام صادق عليه السلام مى نويسد:

((در عصر ابراهيم ، چون امكان ظهور حجت نبود خداوند او را از ديده ها پنهان داشت و نمرود فرزندان رعاياى خود را براى جستن ابراهيم مى كشت و ابراهيم ستم ديدگان را با افكار خود آشنا مى كرد. وقتى شمار آنان به اندازه معين رسيد ابراهيم رسالت الهى خود را آشكار ساخت پيامبران پس از ابراهيم نيز، بر حسب شرايط زمان خود پنهان يا آشكار پيام خود را به مردم مى رساندند تا اين كه زمان موسى فرا رسيد. فرعون براى يافتن موسى فرزندان بنى اسرائيل را مى كشت خداوند زاده شدن او را پوشيده داشت و موسى را در كنار فرعون پروراند تا اينكه زمان مناسب اظهار دعوت فرا رسيد

پس از وفات موسى نيز اين سبك و سياق ادامه يافت تا عيسى پيام آسمانى خود را بر مردم عرضه داشت . زمان او زمان مناسبى بود. خداوند او را از ديد جامعه دور نداشت . حواريون عيسى نيز، بعضى در پنهان بعضى آشكارا رسالت خود را ابلاغ كردند تا محمد بن عبدالله (ص ) به رسالت برگزيده شد. پيامبر نيز، اوصياى خود را معين كرد و به آمدن مهدى ، خاتم ائمه ، خبر داد. رهبرى كه زمين را پس از آن كه از ستم انباشته گرديده از عدل و داد پر مى گرداند.(625) ))

شيخ صدوق ، فلسفه غيت امام زمان را همان فلسفه اى مى داند كه در غيبت پيام آوران و پيشوايان الهى پيشين وجود داشته است (626)

شيخ صدوق ، در كمال الدين نشان مى دهد كه مساءله مهدويت از مسائلى بوده كه در اسلام سابقه داشته است و برخى از فرقه ها در جستن مصداق دچار خطا شده اند وقتى پيامبر(ص ) رحلت كرد عمر خطاب مدعى شد: او نمرده است و مانند موسى از ميان قومش غايب شده است و به زودى ظهور خواهد كرد.

و ابوبكر آيه : (( انك ميت و انهم ميتون (627) )) را به وى به خاطر نشان ساخت آن گاه عمر از نظر خود دست كشيد.(628)

به نقل شيخ صدوق بعد از عمر كيسانيه در شناخت مهدى كژ رفتند و گفتند: محمد بن حنفيه نمرده است ، تا جائى كه اسماعيل بن محمد حميرى ، سيد شعرا، ابتدا تحت تاءثير اين نظريات قرار گرفت و امامت محمد حنفيه را پذيرا شد و اشعارى را در اين باره سرود ولى در پى ديدار با امام جعفر صادق عليه السلام متوجه خطاى خود شد و از راهى كه رفته بود برگشت (629)

وى ، در قصيده طولانى كه درباره غيبت امام زمان سروده ، بيم از جان و نبودن شرايط مناسب براى گسترش حكومت دينى امام عليه السلام را علت غيبت ايشان دانسته است :

(( ولكن روينا عن وصى محمد

و ما كان فيما قال بالمتكذب

بان ولى الامر يفقده لايرى

مستيتر الفعل الخائف المترقب

آن جا كه مى سرايد:

(( له غيبة لابد من ان يغيبها

واقفه فصلى عليه الله من متغيب ))

شيخ صدوق در بخشى از كلام خود اين اشكال را مطرح مى كند:

((اگر بيم از جان سبب غيبت امام شده در اين عصر كه شيعه از آسايش و امنيت بيشترى نسبت به دوره بنى اميه برخوردار است چرا ظهور نمى كند؟))

پاسخ مى دهد:

((ظهور حجتهاى الهى و پنهان شدن آنان بر حسب امكان و تدبير اهل ايمان و با ميزان حكمت سنجيده مى شود(630) ))

به دنبال آن بخشهايى از اشكالات ابوالحسن على بن احمد بن بشار را رد خصوص فلسفه غيبت نقل مى كند و جواب محمد بن عبدالرحمن بن قبه رازى را كه ابتدا از معتزله بود بعد به اماميه پيوست و از مشايخ بزرگ اماميه شد، در پى آن مى آورد.

ابن قبه ، كلام ابن بشار را در نفى وجود حجت ، مردود مى داند و مى نويسد:

((اگر شما بگوييد او كجاست ؟ مى گوئيم : آيا منظور شما اين است كه به او دستور دهيم بر مركب سوار شده و خدمت شما بيايد و خود را بر شما عرضه كند؟ يا مى خواهيد تا براى او خانه اى بنا كنيم و او را به آن خانه بفرستيم و اهل شرق و غرب به آن آگاه شوند؟ نه ما به چنين توانايى داريم و نه اين گونه چيزى بر حجت واجب است ؛(631) ))

در يكى از مجالس امير سعيد ركن الدوله ملحدى از شيخ صدوق پرسيد:

((در فلان جنگ كه چيزى نمانده بود تا روم بر مسلمانان غلبه كند امام زمان شما كجا بود و چرا خروج نكرد؟))

شيخ جواب داد:

((در روزگار پيامبر نيز شمار كافران بيشتر و قدرتشان بالاتر بود با اين حال چهل سال پيامبر رسالت خود را ابراز نكرد و مترصد فرصت شد(632) ))

شيخ اثبات مى كند كه اعتقاد شيعه به مام زمان يك اعتقاد مبتنى بر انكار محسوسات معقولات و عادات نيست .(633)