يكى از پيشامدهاى بسيار مهم زندگى حضرت مهدى عليه السلام واقع شدن غيبت مى باشد كه در دو مرحله انجام گرفته است. اولى بنام غيبت صغرى معروف است كه از سال 260هجرى يعنى از زمان شهادت امام عسكرى عليه السلام آغاز شد و تا سال 329هجرى ادامه داشت و از اين سال به بعد دوره غيبت كبرى آغاز مى شود كه تاكنون نيز ادامه دارد. در رهنمودهاى اميرالمؤمنين عليه السلام به اين موضوع و وقايعى كه در اين دوره پيش خواهد آمد نيز اشاره شده است. در ضمن روايتى كه آن را حضرت عبد العظيم حسنى؛ با سلسله سند از على بن ابيطالب عليه السلام نقل مى كند چنين وارد شده است:



- ...عن اميرالمؤمنين عليه السلام قال: للقائم منّا غيبة امدها طويل كانّى بالشيعة يجولون جولان النّعم فى غيبته يطلبون المرعى فلا يجدونه، ألا فمن ثبت منهم على دينه و لم يقْسُ قلْبُهُ لطول امد غيبة امامه فهو معى فى درجتى يوم القيامة.



اميرالمؤمنين عليه السلام فرمود: براى قائم ما غيبتى هست كه مدت آن طولانى خواهد شد. شيعيان را در اين زمان مى بينم كه همانند گلّه بى صاحبى كه در دشت پراكنده شده باشند به دنبال چرا گاه و مرتع مى گردند ولى آن را پيدا نمى كنند ]به جستجوى آن حضرت مى پردازند ولى او را نمى يابند.[



آگاه باشيد! در اين دوره هر كسى از آنها )شيعيان( در دين و عقيده خود استوار و ثابت قدم بماند و قلبش به جهت طولانى شدن غيبت امامش قساوت پيدا نكند، او روز قيامت در نزد من و در جايگاهى كه من هستم خواهد بود.



- ... عن الاصبغ بن نباته عن اميرالمؤمنين عليه السلام انّه ذكر القائم عليه السلام فقال: أما ليَغيبَنَّ حتّى يقولَ الجاهلُ: ما للّه فى آلِ محمّدٍ حاجةٌ.



از اصبغ بن نباته نقل شده است كه اميرالمؤمنين عليه السلام روزى حضرت قائم عليه السلام را ياد كردند و فرمودند: آگاه باشيد! او غيبتى (طولانى) خواهد داشت به گونه اى كه نادانان (به مصالح الهى) بگويند: خداوند را در آل محمدصلى الله عليه و آله برنامه اى نيست. )يعنى افراد نادان به جهت طولانى شدن دروه غيبت از ظهور آن حضرت مأيوس و نااميد خواهند شد(.