شهيد بزرگوار و مرجع عاليقدر ((سيد محمد باقر صدر))براى نهاد مرجعيت در طول تاريخ شيعه 4 يا 5 مرحله مطرح نموده كه زاويه ديد در اين تقسيم بندى ، درجه تحول در بافت اين نهاد، نوع تصدى مراجع براى امور، و درجه تصدى براى انجام وظايف نيز مدنظر مى باشد. مراحل ذيل مرورى است بر اين مراحل .

مرحله 1:

ارتباط فردى و مستقيم مردم با مراجع در حد استفتا و افتا كه از زمان اصحاب ائمه عليهم السلام تا عصر علامه حلى بوده است .

مرحله 2:

تشكيلاتى شدن دستگاه مرجعيت و ارتباط مردم توسط وكلاى مرجع با مرجع و تقسيم وكلا بر مناطق مختلف و جذاب حقوق به سوى آنان توسط وكلا، مؤ سس اين مرحله را مرحوم ((شهيد اول ))مى دانند و شهادت اين مرجع عاليقدر را مى توان در رابطه با همين موضوع دانست .

اين مرحله تا عصر ((وحيد بهبهانى ))ادامه داشت . در اين مرحله مراجع ، متعدد بوده اند و مردم به تناسب دسترسى و شناخت خود از فقها به آنان رجوع مى كردند.

مرحله 3:

مرحله گسترش و تمركز مرجعيت كه از عصر مرحوم ((شيخ جعفر كاشف الغطاء))تا عصر ورود استعمار به جهان اسلام ادامه داشت . در اين مرحله كارهاى ويژه هر مرجع ، تقسيم بندى شده و براى هر كارى مسؤ ولى قرار داده شد، تمام مردم به سوى يك مرجع توجه داده شدند و معمولا يك مركز براى مرجعيت از طرف علما معرفى مى شد. بدين ترتيب دايره مرجعيت از لحاظ مراجعه مردم به آنان ، هم گسترش و هم تمركز پيدا كرد.

مرحله 4:

مرحله ورود به صحنه مبارزات سياسى با استعمار خارجى و استبداد داخلى و حركت به سوى حاكميت اسلام در صحنه زندگى و در سطح سياسى بين المللى كه از عصر استعمار تا مطلع قرن پانزدهم هجرى طول كشيده است .

مرجعيت ، وظيفه دفاع از هويت اسلامى جامعه را - كه با ورود استعمار اين هويت اسلامى مسخ مى گشت - بر عهده گرفته و تمام امكانات موجود را در جهت اين دفاع فكرى و سياسى و نظامى بسيج نموده ، و به كار برد، و تجديد حيات اسلام را در زندگى مردم امرى ضرورى دانسته و مستقيما رهبرى مبارزات را با جان و دل بر دوش كشيد. با رهبرى مستمر اين نهضت هاى ضد استعمار و ضد استبداد حضور فعال خود را در صحنه سياست هاى بين المللى واقعيت بخشيد، و عملا تخطى قدرت ها از مرجعيت شيعه و ناديده گرفتن آن ، امرى غير ممكن شد، مردم نيز تمام آرزوهاى خود را در حاكميت مراجع متعهد، وارسته ، امانت دار و دلسوز خود تبلور يافته ديدند و دل به اين رهبرى سپردند.

لذا مرحله پنجم

براى مرجعيت ، مرحله تصدى حكومت و ولايت همه جانبه مقام فقاهت و ولايت ، بر تمام شؤ ون زندگى جامعه اسلامى مى باشد كه با تاءسيس نظام مقدس ((جمهورى اسلامى ))در مطلع قرن پانزدهم هجرى شروع شد و مرجعيت به دوران تجديد حيات واقعى و بازسازى فرهنگى و دينى جامعه بر اساس تعاليم دين مبين اسلام آن هم بر اساس ((فقه جعفرى ))وارد گشت و مرحله جديدى براى مرجعيت شيعه آغاز گرديد.