سومين مرحله را زندگى امام مهدى (عجل الله تعالى فرجه الشريف ) را، دوران ((غيبت كبرى ))و دراز مدت ، تشكيل مى دهد. اين دوره پس از سپرى شدن ((غيبت صغرى )) ، آغاز شد و تاكنون ادامه يافته و به امر خداوند تا هنگام حصول ((اقتضاى تام )) ؛ يعنى آن زمان كه زمينه پذيرش ‍ و رهبرى و حكومت جهانى آن حضرت از نظر عده عده فراهم شود، ادامه خواهد يافت .

اين مرحله ميدان بزرگ ترين آزمايش انسان ها و غربال مؤ منان و سنجش ‍ ايمان و عمل قرار گرفته است ؛ در اين مدت طولانى ((حجت ))خدا در پشت پرده غيبت ، خورشيد گونه از پس ابرها، نور افشانى مى كند.

همان گونه كه ((غيبت )) ، به دو مرحله تقسيم مى شد و به دو گونه بود، ((نيابت ))نيز همين گونه است ؛ يعنى داراى دو مرحله است و دو گونه : ((نيابت خاصه ))در ((غيبت صغرى ))و ((نيابت عامه ))در ((غيبت كبرى )) .

در ((نيابت خاصه ))امام ، اشخاص معينى را نايب خود قرار داده بود كه به اسم و رسم ، آنها را معرفى نموده ، و هر كدام را به وسيله نايب پيش از خود به مردم شناسانده بود.

در ((نيابت عامه )) ، بر اساس يك ضابطه كلى و معين كه امام خود به دست داده بود، هر فردى كه آن ضابطه را از همه جهت و در همه ابعاد دارا باشد، نايب امام شناخته مى شود، و به نيابت از امام ، ولى جامعه در امر دين و دنيا خواهد بود.

اين مقام و اين نيابت به وسيله خود حضرت مهدى (عجل الله تعالى فرجه الشريف ) به عالمان واجد شرايط تفويض شده است .

((شيخ طوسى )) ، ((شيخ صدوق ))و ((شيخ طبرسى ))از ((اسحاق بن عمار))نقل كرده اند كه گفت : مولاى ما حضرت مهدى (عجل الله تعالى فرجه الشريف ) (در مورد وظيفه شيعيان در زمان غيبت ) فرموده است : و اما الحوادث الواقعه فارجعوا فيها الى رواة حديثنا فانهم حجتى عليكم و انا حجة الله عليهم )) .

در حوادث و رخدادهايى كه واقع مى شود به روايت كنندگان حديث ما رجوع كنيد كه آنان حجت من بر شمايند، و من حجت خدا بر آنانم .

((طبرسى ))نيز در كتاب ((الاحتجاج ))از امام صادق عليه السلام نقل كرده است كه آن حضرت در ضمن حديثى فرمود: و اما من كان من الفقهاء صائنا لنفسه ، حافظا اهواه مطيعا لامر مولاه فللعوام ان يقلدوه .))

هر يك از فقها كه مراتب نفسش دينش و مخالف هوى و هوسش و مطيع فرمان مولايش (ائمه عليهماالسلام ) باشد بر عوام ، لازم است كه از او تقليد كنند.

بدين ترتيب امور مسلمين در زمان ((غيبت كبرى ))به دست ((ولى فقيه ))قرار گرفت كه با نظر او بايد انجام و جريان يابد. گرچه منصب ((فتوا)) ، ((قضاوت ))و ((حكم ))براى فقيهان از پيش ، توسط ائمه معصومين عليهماالسلام جعل شده بود، ولى رسميت مرجعيت و زعامت فقهاى اسلام از اين تاريخ پديد آمد و تا ظهور آن حضرت ادامه خواهد داشت .

و پس از ظهور مهدى (عجل الله تعالى فرجه الشريف ) دولت ايام ، پيوسته از آن اولياى خدا خواهد بود.