سيد مرتضى به فنون مختلف و علوم گوناگون عصر خويش آراسته و در تمامى آنها به قدرتى وافر دست يافته بود. او پس از تدريس اصول واستخراج حقايق و حل مشكلات علمى و رسيدن به مرتبه اى و الا در فقاهت و فتوى، عهده دار رياست طائفه شيعيان اماميّه پس از «شيخ مفيد» گشت. طالبان علم و جويندگان حقايق از اطراف و اكناف دنياى اسلام بسويش روى آورند و او در راستاى فرونشاندن عطش آنان و رفع مشاكل عقيدتى و كلامى آنان، كتابها نوشت. «مسائل ديلميّه»، «مسائل طوسيه»، «مسائل مصريّه»، «مسائل موصليّه» و غير آن هر كدام نام كتابى يا رساله اى مستقل است كه توسط او در همين زمينه نگاشته شده است.



او در علم كلام و احتجاج با مخالفين قدرتى چشمگير داشت و كتابهاى «شافى»، «امالى مرتضى»، «ابطال القياس»، «الانتصار فى الفقه»، «انقاذ البشر»، «تقريب الاصول »، «تكملة الغرر و الدرر»، «تنزيه الانبياء»، «الحدود و الحقايق»، «الخلاف فى اصول الفقه»، «ديوان شعر» و دهها كتاب ديگر در تفسير آيات و حقايق وحى و مسائل مختلف عقيدتى و فقهى تنها بخشى از فيوضات آن وجود گرامى است كه تنها معدودى از آنها به دست ما رسيده و چه بسا حتّى ذكر همه كتب وتأليفات او در كتابهاى مربوطه موجود نباشد. عدد كتابها و رسائل سيد مرتضى كه ذكرى از آنها در كتب مختلف شده است بيش از هفتاد مجلّد است.



او علاوه بر تأليف كتب، همّت بسيارى بر تربيت و تعليم شاگردان زبده داشت، و در طول عمر سراسر تلاش و خدمت خود، هزاران نفر از جويندگان علوم الهى و معارف اهلبيت(عليهم السلام) را از سر چشمه زلال و پر فيض حكمت و دانش خويش سيراب ساخت.



در عظمت او كافى است كه بزرگانى همچون «شيخ طوسى» و «سلاّر ديلمى» و «ابو صلاح حلبى» و «كراجكى» و ... به دست تواناى او و با كمك هاى علمى و تربيتى او، به اوج قلّه هاى دانش و فرهنگ شيعى دست يافته اند.



آن بزرگوار در ربيع الاول سال 436 هجرى قمرى در بغداد به ديدار الهى شتافت، و فرزندش بر جنازه اش نماز گزارد و در خانه اش مدفون گشت. بعدها جسد مطهّرش را به آستان مقدس امام حسين(عليه السلام)در كربلا انتقال دادند.