زمانى كه عمر سيد مرتضى از چهل سال فزونى گرفت، و رداى جوانى را از شانه فرو افكند، با عزيمتى خستگى ناپذير خود را وقف مطالعه و تدريس كرد و سراسر ايّامش را در اختيار تحصيل و تأليف كتب قرار داد و چنان به مجالست دانشمندان و معاشرت رؤسا و سردمداران فرهنگى روى آورد كه مسئوليت هاى بيادگار مانده از دوران پدرش «ابو احمد» را بتمامى، تحويل برادرش «سيد رضى» داد و تا بعد از فوت او هيچيك از اين مسئوليت ها را عهده دار نگشت.



او كتابخانه اى وسيع و باعظمت تشكيل داد، و كوشيد همه كتابهاى شناخته شده عصر خويش را در آن گرد آورد.



ثعالبى تاريخ نگار گويد: ارزش كتابهاى سيد مرتضى بعد از فوت او به سى هزار دينار طلا تخمين زده شد و عدد كتب او هشتاد هزار جلد برآورد گرديد.



سيد مرتضى در نعمت و ثروت و خيراتى كثير بسر مى برد كه شايد در بين دانشمندان شيعى كمتر كسى به اين مقدار مكنت مالى دست يافته باشد، نقل شده است كه هشتاد قريه بين بغداد و كربلا تحت تملك او بود به گونه اى كه نهرى بزرگ از وسط اراضى او مى گذشت كه بخاطر پيوستن آن به فرات، محل عبور كشتى هاى تجارتى و مسافرتى بود و سيّد، ميوه هاى درختان حاشيه نهر را وقف گذركنندگان از نهر، خصوصاً حاجيانى نموده بود كه در موسم حج، مسافرت با كشتى را بر راه خشكى ترجيح مى دادند.



در آمد اين روستاها را در هر سال، حدود بيست و چهار هزار دينار بر آورد كرده اند. او در سايه اين ثروت خدا داده توانست بدور از اشتغالات مادى و مشاكل دنيوى، تمام همّت و انديشه خويش را در خدمت مطالعه وتدريس و تأليف و صدور فتاوى قرار دهد و نيز به رغبت هاى معنوى وخواسته هاى اخلاقى خويش جامه عمل بپوشاند چنانكه همه مردم خصوصاً پويندگان راه علم و وابستگان خويش را از فضل و احسان خويش بهره مند مى نمود، خانه اش را محل ضيافت و استراحت هر غريب ونيازمند قرار داده و همه امكانات خود را در تأمين نيازهاى علمى و تحقيقاتى دانشمندان و دانش پژوهان بكار مى گرفت.



او براى بسيارى از شاگردان خود، مقرّرى خاصّى در نظر گرفت وشهريّه اى هميشگى قرار داد چنانكه براى شيخ «ابو جعفر طوسى» (385 ـ 460 هجرى قمرى) كه از شاگردان خاص او بود، ماهيانه دوازده دينار مقرّر نمود كه طى بيست و سه سال مصاحبت او با شيخ همچنان ادامه داشت. و نيز براى قاضى «عبدالعزيز ابن برّاج» در هر ماه هيجده دينار قرار داد و براى ديگران نيز بهمين ترتيب عمل مى كرد، و روستايى كامل با همه درآمدش را وقف تهيّه كاغذ براى فقهاء و دانشمندان كرد.



نقل شده است كه زمانى قحطى شديدى پيش آمد، مردى يهودى به بهانه تحصيل علم نجوم پيش سيد آمد و منظورش رسيدن به مال ومنالى بود. سيّد كه از وضع و حال او آگاه شده بود به او اجازه داد ولى مقرر فرمود كه هر روز او را به مبلغى مال مورد تشويق قرار دهند. پس از مدت زمانى اندك، اسلام اختيار كرد.



و از همين نوع است آنچه «ابن خلكان» نقل كرده كه «ابو الحسن على بن احمد فالى» كه شاعر و اديبى معروف بود نسخه اى بسيار نفيس با خط و ترتيبى نيكو از كتاب «الجمهرة» «ابن دُرَيد» داشت، روزگارى آنچنان نيازش شديد شد كه به فروش آن تن در داد. سيد شريف مرتضى آنرا به شصت دينار خريد و زمانى كه آنرا ورق مى زد، خط فروشنده اش «ابو الحسن فالى» را در صفحه اى از آن يافت كه چند بيت شعر را به مناسبت اضطرارش به فروش كتاب نگاشته بود كه خلاصه ترجمه آن چنين بود:



«بيست سال با اين كتاب انس داشتم و هرگز گمان نمى كردم كه مجبور شوم آنرا بفروشم، اگر چه بخاطر قرضهايم مجبور باشم همه عمرم را در زندان بگذرانم، امّا اكنون بخاطر ضعف و فقر شديد ناچارم به خارج كردن اين متاع گرامى از دست خويش تن در دهم، ولى حزن و اندوه من پس از آن طولانى خواهد بود.» سيد با مطالعه اين متن، نسخه كتاب را به او برگرداند و همچنانكه عادت او بر احسان به اهل علم بود هرگز دينارى از قيمت آنرا باز پس نگرفت.