دوران دانش اندوزى و سپس ورود او در صحنه هاى مختلف علمى واجتماعى، همگى در بغداد صورت گرفت. او كسب معارف و فراگيرى آداب مختلف را در محضر فقيه مورد عنايت صاحب العصر(عليه السلام)، عالم بزرگوار، شيخ مفيد آغاز كرد. و معروف است كه مادر سيد رضى و سيد مرتضى زمانيكه دست آندو را گرفته و در حاليكه دو كودك تازه سال بيش نبودند آنان را به محضر شيخ مفيد آورده و مى گويد: (يا شيخ علّمهما الفقه) شيخ مفيد به تأويل خوابى كه ديشب ديده بود پى مى بَرَد. او ساعتى قبل از طلوع فجر همانروز حضرت زهرا(عليها السلام) را در خواب مى بيند كه دست امام حسن و امام حسين(عليهما السلام) را گرفته نزدش مى آورند و مى فرمايند: (يا شيخ علّمهما الفقه).



آنان طى چندين سال در محضر شيخ مفيد به مدارجى عالى دست مى يابند، و سيد مرتضى با بهره گيرى از آموخته هاى ارزشمند خويش، به مصاحبت و مجالست با ديگر علماى بزرگ آن عصر همچون «سهل بن احمد ديباجى» و «ابو عبدالله مرزبانى» و «ابو الحسن جندى» و «احمد بن محمد بن عمران كاتب» مى پردازد و از آنان نيز دانشهاى فراوان مى اندوزد.



از بررسى تاريخ سيد مرتضى و مطالعه پاره اى از رسائل و كتابهاى او كه به دست ما رسيده است مى توان دريافت كه مهمترين اساتيد و بزرگترين مشايخى كه سيد مرتضى دانش ها و آداب خويش را مديون آنها مى داند مرحوم «شيخ مفيد» و «ابو عبدالله مرزبانى» هستند.



امّا «شيخ مفيد» از نام آورترين علماى شيعه و يكى ان برجسته ترين چهره هاى تاريخ تشيّع است و رياست طائفه اماميّه در آن دوران، تنها بر عهده او قرار گرفت و اقوال و آراى شيعه در مجالس درس و كتابهاى او تجلّى يافت. سيد مرتضى در زمينه هاى مختلف فقه و اصول و تفسير و علم كلام از او بهره هاى فراوان برد و سپس زمانى كه خود داراى نظر مستقل گرديد، كتابها و رسائل و مقالات زيادى در اين ابواب نگاشت.



و امّا «ابو عبداللّه مرزبانى»، از پيشتازان فرهنگى عصر خويش و از بنيانگزاران سبكهاى ادبى عرب و يكى از رهبران معتزله و نامداران عرصه روايت است. در آن دوران خانه او مقصد دانشمندان و ادب دوستان بود، و همواره همه وسايل لازم از كتاب و دفتر و قلم گرفته تا غذا و وسيله آسايش در اختيار آنان قرار مى داد و اصرارى فراوان داشت كه از هر دانشمندى كه به ديدارش مى آمد چيزى فرا گيرد و به هر دانش پژوهى كه به سراغش مى آمد چيزى بياموزد، و در اين بين خود جز به تأليف و تصنيف كتب، همّت نمىورزيد. سيد مرتضى در كتاب «غرر» و غير آن، شعرها و روايات و معانى لغات را اكثراً از او نقل مى كند.