مواضع علمي او در پاسخ هاي قاطع و استوار در مورد شبهه ها و افکار کفرآميز و بيان کردن حق در مناظره و گفت وگوها و مناقشه ها و بحث هاي علمي، و هم زمان با آن فعاليت ها، کوشش هايي از قبيل صادر کردن بيانيه هاي علمي بوده است.

ابويوسف يعقوب بن اسحاق کندي، فيلسوف عراقي در زمان امام، پيرامون متناقضات قرآن، کتابي تدوين کرد، امام عليه السلام به وسيله بعضي از منسوبان به حوزه علمي او، با او تماس گرفت، و کوشش او را با شکست رو به رو کرد، و کندي را قانع فرمود که در اشتباه بوده است. کندي توبه کرده، اوراق خود را سوزانيد.