بنا به نقل «شيخ طوسي»، او در آغاز از اصحاب امام عسکري عليه السلام بود. پس از وفات آن جناب و در عصر نيابت نائب دوم، به معارضه با او برخاست و مقام نيابت و بابيت را براي خودش ادعا نمود، ولي خداوند وي را به خاطر سخنان کفرآميز و الحادي رسوا نمود، و نايب دوم نيز او را لعن کرد و از او دوري گزيد. جماعت شيعيان نيز به همين ترتيب عمل کردند. و حتي گفته شده است که پس از لعن «محمد بن نصير» توسط «ابوجعفر عمري»، خواست به نزد «عمري» رفته و نظر او را جلب کند، ولي اجازه ورود نيافت.

از جمله عقايد وي آن بود که امام هادي عليه السلام - نعوذبالله - خدا است و او را به پيامبري مبعوث نموده! همچنين قائل به تناسخ، و اباحه محارم بود، و نکاح مردان نسبت به يکديگر را جايز مي شمرد. و آن را نشانه تواضع مفعول مي دانست و اين که خداوند اين امور را تحريم ننموده است! و «محمد بن موسي بن الحسن بن الفرات» (که بعدها وزير «مقتدر»، خليفه عباسي، شد) او را تاءييد و مورد کمک و مساعدت قرار مي داد. که اين امر، نشانگر وضعيت تاسف بار خلافت و حکومت در آن عصر است. [1] .

هنگامي که «محمد بن نصير» بيمار شد و در پي آن بيماري به هلاکت رسيد از او سؤ ال شد که امر نيابت پس از تو از آن کيست؟ وي در حاليکه زبانش سنگين شده بود با لکنت زبان پاسخ گفت: «احمد» و لذا پيروان او ندانستند که مرادش کدامين «احمد» است! از اين رو، بعد از هلاکت او به سه گروه تقسيم شدند: فرقه اي معتقد شدند که مراد او، فرزندش ‍ «احمد» بوده است، عده اي ديگر گفتند: مراد «احمد بن محمد بن موسي بن الفرات» است و فرقه سومي قائل شدند مراد «احمد بن ابي الحسين بن بشر بن يزيد» است.

همان گونه که قبلا گذشت، وي به همراه «اين باباي قمي» در توقيعي توسط امام عسکري عليه السلام مورد لعن واقع شد.