در ايّامي که علي‌محمد در مکّه بود، بر اثر فعّاليت ملاّ حسين بشرويه‌اي و ديگر گروندگان، کار او شهرتي گرفت. از اين رو، چون به ايران بازگشت، بي‌درنگ دستگير شد و علما در شيراز مجلسي آراستند و او را در معرض امتحان آوردند. اعتضاد السلطنه آورده است که وي در اين مجلس صريحاً نوشته‌هاي خود را وحي الهي، و افصح از قرآن [1] [!!!] و دين خود را ناسخ اسلام دانست و چون نتوانست دعوي خود را اثبات کند و بلکه اطوار نابخردانه داشت، چوبش زدند و وي نيز بر سر منبر از آن دعوي توبه کرد و آن گاه همان جا بازداشت شد. مدّتي بعد به سفارش و کوشش منوچهر خان معتمد الدولهِ گرجي، والي اصفهان، علي‌محمد وارد اين شهر شد و چند ماهي به آسودگي سپري کرد تا والي مرد. آن گاه علماي اصفهان به دربار نامه نوشتند و خواهان تنبيه علي محمد شدند. حاج? ميرزا آقاسي که خود مشرب صوفيانه داشت و نمي‌خواست نسبت به اين دعاوي سخت‌گيري کند، دستور داد او را به ماکو تبعيد کنند؛ [2] اما به درخواست وزير مختار روس، کينياز دالگورکي - که از بروز آشوب در قفقاز بيم داشت - علي‌محمد را به قلعهِ چهريق در حدود اروميه بردند.

بر اثر کوشش‌هاي بابياني چون ملاّ حسين بشرويه‌اي و ملاّ محمد علي بارفروش و سپس قرّه العين، کار «باب» بالا گرفت. آن گاه علاوه بر کساني چون ملاّ عبدالخالق يزدي و ملاّ علي‌اصغر مجتهد نيشابوري و ملاّ محمدتقي هراتي و ملاّ محمدعلي زنجاني، جمع قابل توجّهي گرد آمده، آمادهِ شورش گشتند. پس به دستور دولت، علي‌محمد را به تبريز بردند و مجلسي تشکيل دادند و علما و از جمله چند تن از علماي شيخي با او به گفت و گو پرداختند.

از گزارشي که ناصرالدين ميرزاي وليعهد در اين باره به محمد شاه نوشته، پيداست که علي‌محمد به رغم تکرار دعوي از پاسخ فرو ماند و در آخر هم خود را مسلمان و موحّد و اهل ولايت ائمّه خواند و توبه کرد و بخشايش خواست. [3] اما قيام و آشوب مسلّحانه‌اي که در خراسان، مازندران، فارس، زنجان و ديگر نقاط توسط بابيان پديد آمد، دولت مرکزي را به مقابله واداشت و آنان پس از چند جنگ خونين سرکوب گشتند و چند تن از سران بابيه کشته شدند و برخي به حبس افتادند. اين آشوب‌ها و بيم دولت از گسترش آن سبب شد تا به دستور دولت‌،علي محمد را باز از چهريق به تبريز بردند و همراه يکي از يارانش به نام محمدعلي زنوزي در 27 (يا 28) شعبان 1266ق اعدام کردند. [4] در برخي از منابع آمده است که باب را پيش از قتل در مجلسي، نزد علما حاضر کردند و چون دعوي خود را تکرار کرد، حکم به قتلش دادند. [5] .