بدين سان، سيّد علي محمّد از دعاوي خود، بازگشت، ولي توبه ي او، صوري بود. پيش از توبه ي اخير، در شيراز نيز بر فراز منبر و در برابر مردم، نيابت و بابيّت خود را انکار کرد، امّا چيزي نگذشت که ادّعاهاي بالاتري را به ميان آورد و از پيامبري و رسالت خويش سخن گفت.

در اواخر سلطنت محمّد شاه و پس از مرگ او (1264) از سوي مريدان سيّد علي محمّد، آشوب هايي در کشور پديد آمد که از جمله، رويداد قلعه ي شيخ طبرسي در مازندران بود. در اين آشوب، جمعي از بابيّان به رهبري ملّا حسين بشرويه و ملّا محمّد علي بارفروشي، قلعه ي طبرسي را پايگاه خود قرار دادند و اطراف آن را خندق کندند و خود را براي جنگ با قواي دولتي آماده ساختند. از سوي ديگر، بر مردم ساده دل که در پيرامون قلعه زندگي مي کردند به جرم «ارتداد» هجوم آورده، به قتل و غارت ايشان مي پرداختند. يکي از بابيّان مي نويسد:

جمعي رفتند و در شب، يورش برده، دِه را گرفتند و يکصد و سي نفر را به قتل رسانيدند. تتمّه، فرار نموده، دِه را حضراتِ اصحاب حق، خراب نمودند و آذوقه ي ايشان را جميعاً به قلعه بردند. [1] .

آنان چنين مي پنداشتند که ياران مهدي موعودند و به زودي، جهان را در تسخير خود خواهند گرفت و بر شرق و غرب، فرمانروايي مي کنند. همان فرد مي نويسد:

حضرت قدّوس [محمّد علي بارفروشي] مي فرمودند که «ما هستيم سلطان بحق، و عالم، در زير نگين ما مي باشد و کلّ سلاطين مشرق و مغرب، به جهت ما خاضع خواهند گرديد». [2] .

پس ميان ايشان و نيروي دولتي جنگ در گرفت و فتنه ي آنان با پيروزي قواي دولت و کشته شدن ملّا محمّد علي بارفروشي در جمادي الثانيه 1265 پايان گرفت.

در زنجان نيز شورشي به سرکردگي ملّا محمّد علي زنجاني (در سال 1266 ه) پديد آمد که به شکست بابيّان انجاميد.

در تهران نيز گروهي از بابيّان به رهبري علي ترشيزي بر آن شدند تا ناصرالدين شاه و اميرکبير و امام جمعه ي تهران را به قتل رسانند، امّا نقشه ي آنان کشف شد و سي و هشت تَن از سران بابيّان، دستگير و هفت تن از آنان کشته شدند.

شگفت آن که مريدان سيّد علي محمّد، در جنگ هاي قلعه ي طبرسي و زنجان، از مسلماني دم مي زدند و نماز مي گزاردند و از «بابيّت» سيّد علي محمّد جانب داري مي کردند. [3] .

ظاهراً، در آن هنگام، هنوز ادّعاي مهدويّت و نبوّت وي به آنان نرسيده بود. از اين رو، به اعتراف وقايع نگاران بابي، برخي از بابيّان به محض اين که در «بدشت» از ادّعاي مهدويّت سيّد علي محمّد و تغيير احکام اسلام با خبر شدند، به شدّت از او روي گرداندند. [4] .