پس از آشکار شدن عجز سيّد علي محمد در اثبات ادّعاي خود، وي را چوب زدند و تنبيه کردند. او، از دعاوي خويش تبرّي جست و اظهار پشيماني کرد. سپس توبه نامه اي تنظيم کرد و به قصد طلب عفو، براي شاه ارسال داشت.

متن توبه نامه ي «باب» که نسخه ي اصلي آن در کتابخانه مجلس شوراي اسلامي ايران، نگهداري مي شود و خطاب به شاه قاجار نوشته شده - و يکي از مريدان اش در کتاب خود آورده [1] - به اين شرح است:

«فداک روحي. الحمد للّه کما هو أهله و مستحقّه که ظهورات فضل و رحمت خود را در هر حال بر کافّه ي عباد خود شامل گردانيده. فحمداً له ثمَّ حمداً که مثل آن حضرت را ينبوع رأفت و رحمت خود فرموده که به ظهور عطوفت اش عفو از بندگان و ستر بر مجرمان و ترحّم به داعيان [ياغيان] فرموده. أُشهِدُاللّهَ و مَنْ عِنده که اين بنده ي ضعيف را قصدي نيست که خلاف رضاي خداوند عالم و اهل ولايت او باشد. اگرچه بنفسه، وجودم ذَنبِ صِرف است، ولي چون قلب ام، موقن به توحيد خداوند، جلّ ذِکرُه، و به نبوّت رسول او و ولايت اهل ولايت او است، و لسان ام، مقرّ بر کلّ ما نزل من عندالله است، اميد رحمت او را دارم و مطلقاً، خلاف رضاي حق را نخواسته ام و اگر کلماتي که خلاف رضاي او بود، از قلم جاري شده، غرض ام عصيان نبوده و در هر حال، مستغفر و تائب ام حضرت او را.

و اين بنده را مطلق علمي نيست که منوط به ادّعايي باشد و أستغفراللّهَ ربّي وأتوب اليه من أن يُنسَب إلَيّ أمرٌ.

و بعضي مناجات و کلمات که از لسان جاري شده، دليل بر هيچ امري نيست و مدّعي نيابت خاصّه حضرت حجةالله عليه السلام را محض ادّعا مبطل [مي دانم] و اين بنده را چنين ادّعايي نبوده و نه ادّعاي ديگر.

مستدعي از الطاف حضرت شاهنشاهي و آن حضرت، چنان است که اين دعاگو را به الطاف و عنايات سلطاني و رأفت و رحمت خود، سرفراز فرمايند.

والسّلام