سيّد علي محمّد، پس از توقّف پنج ساله در بوشهر، با رها کردن تحصيل و تجارت، به شيراز بازگشت و از آن جا به مکّه سفر کرد، سپس براي زيارت قبر امام حسين عليه السلام و تحصيل علم، به کربلا رفت و در آن جا، به جهت سنخيّت فکري و شنيدن آوازه ي سيّد کاظم رشتي - شاگرد و جانشين و مفسّر آراي شيخ احمد احسائي - به وي گرايش پيدا کرد.

چنان که پيش از اين آورده ايم، شيخ احمد احسايي، معتقدات باطل اش را به بعضي از شاگردان اش، از جمله سيّد کاظم رشتي انتقال داد. از مهم ترين آن افکار، در ارتباط با بحث ما، ترکيب معجوني از افکار غلوآميز درباره ي ائمّه ي اطهارعليهم السلام و اين که آنان «مظاهر تجسّم يافته ي خدا» يا «خدايان مجسّم»اند و اين که لازم است در هر زمان، يک نفر ميان مردم و امام زمان، «باب» و «واسطه ي فيض روحاني» باشد، مي توان ياد کرد.

سيّد علي محمّد، در مدّت توقّف خود در کربلا - که ظاهراً، دو يا سه سال طول کشيد - در سلک شاگردان و مريدان سيّد کاظم رشتي در آمد و مورد توجّه استادش قرار گرفت. [1] .

وي، در مدّتي که نزد سيّد کاظم رشتي شاگردي مي کرد، با مسائل عرفاني، و تفسير و تأويل آيات قرآن و احاديث و مسائل فقهي به روش شيخيّه، آشنا شد و از آراي شيخ احسايي هم آگاهي يافت. [2] علاوه، هنگام اقامت در کربلا، از درس ملّا صادق خراساني که او نيز مذهب شيخي داشت، بهره گرفت و چندي نزد وي بعضي از کتب ادبي متداول آن ايّام را فرا گرفت. [3] .

سيّد علي محمّد، در سال 1257 هجري قمري به شيراز بازگشت و هرگاه فرصت مي يافت، کتاب هاي ديني را مطالعه مي کرد. به گفته ي خودش:

و لقد طالعتُ سَنا بَرق جعفر العلوي و شاهدتُ بواطن آياتها [4] .

همانا، کتاب «سنابرق» اثرِ سيّد جعفر علوي [مشهور به کشفي] را خواندم و باطن آيات اش را مشاهده کردم».