شيخ احمد احسايي، هر چند به وارستگي و تلاش در عبادات و رياضت هاي شرعي، ستوده شده و به برخورداري از علوم مختلف و تربيت شاگرداني چند شهرت يافته بود؛ ليکن آراء و نظرياتش، مصون از خطا و اشتباه نبود و گاهي برخي از عالمان و انديشمندان معروف آن عصر، با انتقاد جدي از انديشه ها و لغزش هاي وي، او را «غالي»، «منحرف» و حتي «کافر» مي خواندند. احسايي خود مي گويد:

«محمد بن حسين آل عصفور بحراني - که پدرش از مشايخ اجازه او بوده است - در بحثي رويارو، بر وي انکار آورد». [1] .

نخستين مخالف آشکار با احسايي،از جانب محمد تقي برغاني، از عالمان با نفوذ قزوين صورت گرفت. زمان اين رويداد به سال هاي آخر زندگي احسايي باز مي گردد، وي در زماني که از کرمانشاه عازم مشهد بود، (سال 1237 ه. ق)، گويا در ميانه راه، چندي در قزوين توقّف داشت.

مفصل ترين گزارش در اين باره در قصص العلماء تنکابني نگارش يافته است:

«برغاني در آغاز، مانند ديگر بزرگان قزوين، حرمت احسايي را نگاه مي داشت؛ اما در مجلسي که احسايي به بازديد او رفته بود، از روي آگاهي، عقيده خاص وي را در باب «معاد جسماني» جويا شد. پس از شنيدن پاسخ به وي اعتراض کرد و آن مجلس با جدال اطرافيان، به پايان رسيد. اين رويارويي، به ميان مردم کشيده شد و جمعي از عالمان، از احسايي کناره جستند. رکن الدولة، علينقي ميرزا، حاکم قزوين، محفلي براي آشتي عالمان، با حضور آن دو ترتيب داد؛ اما اين بار گفت وگو، به تکفير احسايي از جانب برغاني انجاميد و انتشار اين تکفير، توقف بيشتر احسايي را در شهر، دشوار ساخت». [2] .

احسايي پس از ترک قزوين، در سفرهايش به مشهد، يزد و اصفهان - با همه معارضه هايي که عليه او شد - کمابيش از پايگاه مردمي برخوردار بود. اما تلاش برغاني در تأکيد بر تکفير او و نامه هايي که در اين باره نوشت، از عواملي بود که عرصه را بر احسايي، در واپسين سفرش به کربلا تنگ کرد و او را از نيت ماندگار شدن در آن جا، منصرف ساخت. خاصه آن که در اين ميان گروهي نيز عقايد غلوآميزي، به وي نسبت دادند و در تحريک عالمان کربلا و سران دولت عثماني کوشيدند.

حکم تکفير شيخ، در ميان عوام و خواص، در شهرهاي مختلف ايران، عراق و عربستان، نشر يافت. عده اي به دفاع برخاستند؛ گروهي سکوت کردند و برخي ديگر با مطالعه آثار وي، حکم تکفير را تأييد و اعلام نمودند.

عده اي از عالمان و فقيهان که شيخ و پيروان عقايد او را تکفير کردند، عبارت اند از:

حلاج ملا محمد تقي قزويني، معروف به شهيد سوم؛

آقا سيدمهدي فرزند صاحب رياض؛

حاج ملا محمد جعفراستر آبادي؛

آخوند ملاآقا دربندي، مؤلف کتاب اسرار الشهادة؛

شريف العلماء مازندراني، استاد شيخ انصاري؛

آقا سيدابراهيم قزويني، مؤلف کتاب ضوابط الاصول؛

شيخ محمد حسن، صاحب جواهر الکلام؛

شيخ محمد حسين، صاحب فصول. [3] .

البته گروهي، دشمني با شيخ را روا نمي شمردند؛ از آن جمله فقيه نامدار حاج ابراهيم کلباسي بود. وي آسان فهم نبودن پاره اي از آراء و تعبيرات احسايي را، باعث سوء تفاهمات و تکفيرها مي دانست و آراي احسايي را، در چارچوب عقايد اماميه، تلقّي کرده، او را از علماي اماميه مي دانست.

برخي نيز جانب احتياط را در پيش گرفتند. صاحب اعيان الشيعه معتقد است: «شيخ و پيروانش، شطحياتي (نظير شطحيات برخي از صوفيه) و سخنان معمّاگونه و خرافاتي دارند. کتاب شرح جامعه کبيره (که وي خود آن را ديده بود و خوانده بود) يکي از همين قبيل آثار است. مسلک اينان مايه ضلالت بسياري از عوام الناس شده است. به ويژه آن که بيشتر فساد و گمراهي از ناحيه شاگردش سيدکاظم رشتي است. سخنان و مطالبي که وي آورده است، بعيد دانسته شد که خودِ شيخ قائل به آن باشد. [4] .