در سال 1268 ناصرالدين شاه از طرف طرفداران سيد باب در تهران مورد سوء قصد و حمله قرار گرفت، ولي جان سالم به در برد. پس از اين حادثه بابي‌ها مورد تعقيب قرار گرفته، عده‌اي از آنان دستگير و زنداني شدند. ميرزا بهاء نيز از جمله دستگيرشدگان بود و در تهران زنداني شد. وي پس از حدود يک سال زنداني در سال 1269 از زندان آزاد، و به کمک سفير روس به سوي بغداد حرکت کرد.

پس از يازده سال که در بغداد اقامت داشته، در نتيجهِ شکايت اهالي و نفرت و مخالفت مردم در سال 1280 به دستور سلطان عثماني، ميرزا بهاء و جمعي از «بابيّه» به اسلامبول تبعيد مي‌شوند. آنان چهار ماه در اسلامبول توقّف داشته، سپس به «ادرنه» تبعيد شدند. در سال چهارم اقامت در «ادرنه» ميرزا بهاء زمزمهِ دعوت به خويش را شروع کرده است. با آغاز دعوت ميرزا بهاء، اختلاف شديدي ميان او و برادرش ميرزا يحيي رخ داد. وي آشکارا اعلان نمود:

«من همان شخص موعود باب «من يظهره الله» هستم، و ميرزا يحيي صبح ازل بايد از من پيروي کند و احکام و حدود «بيان» متوقّف به تصديق و امضاي من است و من مسل باب را نسخ نمودم».