شدّت اهتمام و کوشش آن حضرت در ترويج دين خدا و هدايت بندگان الهي، باعث ابراز معجزات مي شود. دعا کردن براي چنين کسي که در ترويج دين و ارشاد بندگان کوشش و سعي بليغ دارد، عقلاً و نقلاً ممدوح و مطلوب است. از همين جا است که فرشتگان براي طالبان علم دعا مي کنند. به اضافه اين که هدايت بندگان از سودمندترين امور براي آن ها و احسان به ايشان است. پس لازم است درباره کسي که مردم را به سوي حق هدايت و راهنمايي مي کند، دعا نمود.

و امّا معجزات آن حضرت عليه السلام: محدّث بزرگوار شيخ حرّ عاملي در کتاب «اثبات الهداة» به نقل از کتاب فضل بن شاذان به سند خود از عبد اللَّه بن ابي يعفور آورده است که گفت: امام ابوعبد اللَّه جعفر بن محمد - صلوات اللَّه وسلامه عليهما و علي آبائهما وأبنائهما - فرمود: هيچ معجزه اي از معجزات پيغمبران و اوصيا نيست مگر اين که خداوند تبارک و تعالي مثل آن را بر دست قائم ما آشکار خواهد کرد، براي اتمام حجّت بر دشمنان. [1] .

تفصيل معجزاتي که از آن حضرت [تاکنون] بروز کرده از کتاب هاي مفصل مانند بحار مطالعه شود.