يکي از پيشامدهاي بسيار مهم زندگي حضرت مهدي عليه السلام واقع شدن غيبت مي باشد که در دو مرحله انجام گرفته است. اولي بنام غيبت صغري معروف است که از سال 260هجري يعني از زمان شهادت امام عسکري عليه السلام آغاز شد و تا سال 329هجري ادامه داشت و از اين سال به بعد دوره غيبت کبري آغاز مي شود که تاکنون نيز ادامه دارد. در رهنمودهاي اميرالمؤمنين عليه السلام به اين موضوع و وقايعي که در اين دوره پيش خواهد آمد نيز اشاره شده است. در ضمن روايتي که آن را حضرت عبد العظيم حسني؛ با سلسله سند از علي بن ابيطالب عليه السلام نقل مي کند چنين وارد شده است: -...عن اميرالمؤمنين عليه السلام قال: للقائم منّا غيبة امدها طويل کانّي بالشيعة يجولون جولان النّعم في غيبته يطلبون المرعي فلا يجدونه، ألا فمن ثبت منهم علي دينه و لم يقْسُ قلْبُهُ لطول امد غيبة امامه فهو معي في درجتي يوم القيامة. [1] اميرالمؤمنين عليه السلام فرمود: براي قائم ما غيبتي هست که مدت آن طولاني خواهد شد. شيعيان را در اين زمان مي بينم که همانند گلّه بي صاحبي که در دشت پراکنده شده باشند به دنبال چرا گاه و مرتع مي گردند ولي آن را پيدا نمي کنند]به جستجوي آن حضرت مي پردازند ولي او را نمي يابند.[آگاه باشيد! در اين دوره هر کسي از آنها)شيعيان(در دين و عقيده خود استوار و ثابت قدم بماند و قلبش به جهت طولاني شدن غيبت امامش قساوت پيدا نکند، او روز قيامت در نزد من و در جايگاهي که من هستم خواهد بود. -... عن الاصبغ بن نباته عن اميرالمؤمنين عليه السلام انّه ذکر القائم عليه السلام فقال: أما ليَغيبَنَّ حتّي يقولَ الجاهلُ: ما للّه في آلِ محمّدٍ حاجةٌ. [2] از اصبغ بن نباته نقل شده است که اميرالمؤمنين عليه السلام روزي حضرت قائم عليه السلام را ياد کردند و فرمودند: آگاه باشيد! او غيبتي (طولاني) خواهد داشت به گونه اي که نادانان (به مصالح الهي) بگويند: خداوند را در آل محمدصلي الله عليه و آله برنامه اي نيست. (يعني افراد نادان به جهت طولاني شدن دوره غيبت از ظهور آن حضرت مأيوس و نااميد خواهند شد).