در کتاب نجم الثّاقب از مرحوم عالم جليل آقاي آخوند ملاّزين العابدين سلماسي که از شاگردان سيّد بحرالعلوم بود نقل شده که گفت:

روزي در نجف اشرف، سر درس آية اللّه سيّد سند و عالم مسدد، فخرالشّيعه، علاّمه طباطبائي بحرالعلوم قدس سره نشسته بودم و تقريبا صد نفر بوديم، که ديدم عالم محقّق مرحوم ميرزاي قمي صاحب قوانين براي زيارت سيّد بحرالعلوم وارد شد او از ايران براي زيارت عتبات عاليات به عراق مشرف شده بود و قصد داشت بعد از آن به مکّه معظّمه مشرّف گردد. طلاب وقتي متوجّه اين ملاقات شدند همه متفرق گرديدند جز سه نفر که آنها عالم و متقي و مجتهد بودند من هم با آنها ماندم وقتي مجلس خلوت شد ميرزاي قمي به سيّد بحرالعلوم عرض کرد، شما فايز مرتبه ولادت جسماني و روحاني از اهل بيت عصمت (عليهم السّلام) هستيد و موفّق به قرب مکاني ظاهري و باطني گرديده ايد، من از راه دور آمده ام، به من از آن نعمتهاي بي نهايتي که به دست آورده ايد صدقه اي عنايت بفرمائيد، تا من هم از آن نعمتها بهره مند گردم.

سيّد بحرالعلوم بدون معطلي فرمود:

من شب گذشته براي نافله شب به مسجد کوفه رفته بودم و تصميم جدي داشتم که صبح اوّل وقت براي مباحثه برگردم و درس و مباحثه را تعطيل نکنم، صبح وقتي از مسجد بيرون آمدم، ديدم فوق العاده مايلم که به مسجد سهله بروم، ولي خود را منصرف کردم، از ترس اين که مبادي اول وقت به درسم نرسم، لکن شوق لحظه به لحظه زيادتر مي شد، در اين موقع که مردد بودم ناگهان باد و غبار غليظي حرکت کرد و مرا به طرف مسجد سهله حرکت داد، چيزي نگذشت که خود را در مقابل در مسجد سهله ديدم، داخل مسجد شدم زوّاري در آنجا نبودند و تنها يک نفر شخصي جليل (که جان همه به قربانش) مشغول مناجات با قاضي الحاجات بود او آنچنان مناجات مي کرد، که قلب را منقلب و چشم را گريان مي فرمود، حالم متغيّر شد، دلم از جا کنده شد، زانوهايم به لرزه افتاد، اشکم از شنيدن آن کلمات که هرگز مثل آن را نشنيده بودم جاري شد! و من در کتب ادعيه مثل آن مناجات را نديده بودم، فهميدم که آن مناجات کننده (که جان همه عالم به قربانش) آن کلمات را انشاء مي کند! نه آنکه از ادعيه وارده مي خواند! آنجا ايستادم و آن مناجات را گوش مي دادم و از آنها لذّت مي بردم، تا آنکه مناجاتشان تمام شد، به من متوجّه شد و به زبان فارسي فرمود:

مهدي بيا، من چند قدم جلو رفتم و ايستادم، باز فرمود:

جلوتر بيا، باز هم چند قدم ديگر پيش رفتم و ايستادم، باز فرمود:

جلوتر بيا، ادب در اطاعت است من به قدري جلو رفتم، تا آنکه دست من به دست او و دست او به دست من رسيد و چيزي به من فرمود:

(در اينجا سيّد بحرالعلوم از اين موضوع صرف نظر کرد) و مشغول جواب سؤ الي که قبلاً ميرزاي قمي از سيّد بحرالعلوم کرده بود شد و وجوهي از مطالب را براي او بيان کرد، مرحوم ميرزاي قمي سؤ ال کرد که آن کلامي که حضرت فرمودند چه بود؟ فرمود:

آن از اسرار مکتومه است.