الغيبة نعماني در بيست و شش باب تنظيم شده است. اکثر ابواب، نسبتاً، کوتاه است. ابواب مفصّل کتاب - که چهره ي کلّي کتاب را شکل داده اند - عبارت است از:

ب 4 (ص 57 - 111) ما روي في أنَّ الائمة اثنا عشر إماما و أنّهم من الله و اختياره

در پايان اين باب، رواياتي چند از طرق عامه در اثبات عدد دوازده امام عليهم السلام نقل شده است. در ضمن آن، به نقل عبارتي از تورات درباره نام هاي امامان به زبان عبري مي پردازد.

مؤلِّف باب ديگري (باب 6، ص 116 - 127) را درباره احاديث دوازده امام که از طريق عامه نقل شده، گشوده، که ظاهراً پس از تأليف کتاب افزوده شده است. [1] .

ب 10 (ص 140 - 194) - ما روي في غيبة الإمام المنتظر [و هو] [2] الثاني عشر

ب 13 (ص 212 - 247) - ما روي [جاء خ.ل] [3] في صفته [صفات القائم عليه السلام، خ.ل ] و سيرته و فعله [و في أصحابه و ما يريد الله، جلّ و عز، به]، [4] و ما نزل من القرآن فيه.

ب 14 (ص 247 - 283) - ما جاء في العلامات الّتي تکون قبل قيام القائم عليه السلام [و يدل (تدل خ.ل) علي أنَّ ظهوره يکون بعدها کما قالتِ الأئمةُعليهم السلام ]

در اين چند باب گسترده، عناوين فرعي هم ذکر شده که نقل احاديث را منظّم تر مي سازد.

ابواب کتاب، تقريباً سه گونه اند: ابواب مقدّماتي (مربوط به مباني غيبت)، غيبت و دوران غيبت، عصر ظهور و علائم آن.

نُه باب نخستين کتاب، به مباني عقيدتي غيبت، مانند لزوم راز داري و الهي بودن منصب امامت و ضرورت وجود امام بر روي زمين و روايات مربوط به دوازده امام عليهم السلام مي پردازد.

سه باب بعدي (باب 10 تا 12) به غيبت و گزارش دوران غيبت اختصاص دارد. باب 15 و 16 نيز به همين دوران مربوط مي گردد.

بقيّه ي ابواب کتاب، به دوران ظهور يا علائم ظهور مي پردازد.

در اين ميان، يک باب (باب 24) موضوع خاصّي را دنبال مي کند. اين باب، بطلان امامت اسماعيل (فرزند امام صادق عليه السلام) را اثبات مي کند که در ارتباط با ادّعاي مهدويّت خليفه ي فاطمي است - که به مذهب اسماعيلي بود -. درباره اين موضوع، پس از اين، بيش تر سخن مي گوييم.