پنجمين بحث مقدماتي، چالش ها و مشکلات ويژه ي تاريخ عصر غيبت کبري مي باشد.

در سوّمين بحث مقدماتي روشن شد که اولين قلمرو براي بحث در تاريخ دوران غيبت کبري ، تاريخ شخص امام مهدي (عج) است که مهم ترين بحث و نزديک ترين موضوع نسبت به عنوان بحث مي باشد. ولي بحث در اين قلمرو، بسيار محدود و فاقد منابع مناسب مي باشد؛ زيرا پيش فرض ما در بحث، غيبت تام امام مهدي (عج) مي باشد. و با غيبت تام، چه اطلاعي از او مي توانيم داشته باشيم؟

مکان زندگي و تحرکات امام مهدي (عج)، نحوه ي زندگي او، نحوه ي ارتباط با مردم و سيره ي عام و خاص او در اين دوران، زندگي خصوصي او و بسياري از مسايل ويژه ي امام مهدي (عج) که براي يک بحث تاريخي مطرح مي باشند، شايد بدون جواب بمانند.

بنابراين مي توانيم بگوييم: اولين چالش در بحث هاي تاريخ عصر غيبت کبري ، مشخص نبودن قلمروهاي بحث در اين برهه ي تاريخي است که به تناسب اهداف مورد نظر و افق هاي ديد تاريخ نگاران، مي تواند بسيار متفاوت باشد. آن چه را در سومين بحث مقدماتي بيان داشتيم، در حقيقت مي تواند يک نظر تأسيسي باشد؛ زيرا آن چه تاکنون با اين عنوان آمده است؛ يا منهاي تاريخ شخص امام مهدي (عج) بوده [1] يا اين که فقط به تاريخ شخص امام مهدي (عج) بسنده کرده است. [2] .

دومين چالش، کمبود منابع در زمينه ي اولين قلمرو براي بحث هاي دوران غيبت کبري است.

چالش سوم، پراکنده بودن اطلاعات تاريخي است. آن هم در منابعي که هر کدام با ديدگاه هاي ويژه اي به رشته ي تحرير درآمده است.

البته منابعي که توسط مستشرقين عرضه شده است، نمي تواند منابعي مطمئن و گوياي واقعيت باشد.

براي منابع عمومي تاريخ اسلام نيز بايد بگوييم که تاريخ شيعه و تشيّع و حوزه هاي علميه و مراجع بزرگ تقليد در اين منابع نيز کم رنگ بوده يا اين که صددرصد مورد تجاهل قرار گرفته است.

بنابراين، بايد تلاشي اساسي و همه جانبه، همراه با حساسيت هاي لازم براي يک محقق، انجام پذيرد، تا اين که مجموعه اي منسجم و علمي و فراگير در مورد تاريخ عصر غيبت کبري فراهم آيد. چنين کار بزرگي را بايد يک گروه توانمند يا مؤسسه اي متخصص در تاريخ بر عهده گيرد، تا تاريخي مستند و تحليلي، عرضه گردد و مورد استفاده ي رشته هاي تخصصي و عمومي قرار گيرد.