برجسته ترين همانندي ميان يوسف زهراعليه السلام و يوسف يعقوب عليه السلام، همانندي در غيبت است. امام باقرعليه السلام به محمدبن مسلم مي فرمايد:

يا محمّد بن مسلم ان في القائم من اهل بيت محمّدعليهم السلام شبه من خمسة من الرسل يونس بن متي و يوسف بن يعقوب و موسي و عيسي و محمّد صلوات اللَّه عليهم... وامّا شبهه من يوسف بن يعقوب عليه السلام فالغيبة من خاصته و عامته و اختفائه من اخوته.... [1] .

اي محمّد بن مسلم! قائم آل محمّد (عج) با پنج تن از پيامبران شباهت دارد: يونس بن متي و يوسف بن يعقوب و موسي و عيسي و محمّد صلوات اللَّه عليهم... و امّا شباهت او به يوسف در غيبت اوست از اقوام دور و نزديک و از برادران خود....

نخستين سؤال درباره ي اين شباهت، آن است که ميان غيبت امام عصر (عج) و غيبت يوسف عليه السلام تفاوت فراواني وجود دارد؛ زيرا غيبت يوسف عليه السلام، غيبتي است نسبي؛ يعني هرچند او از کنعان، برادران و پدر و مادر خود غايب بود، ولي از ديدگان مصريان غايب نبود. او با مصريان، گفت و گو و رفت و آمد داشت، در حالي که غيبت حضرت مهدي (عج) غيبتي است مطلق و آن حضرت از ديدگان همگان غايب اند. از اين رو، قياس آن دو با يکديگر قياس مع الفارق است. پاسخ به اين نکته، در شباهت دوم خواهد آمد.